沉降菌采样是基于地心引力，相比于浮游菌主动捕捉采样方式，它是被动的。沉降菌采样方法采样效率低而且无法做方法验证。
沉降菌采样能够得到12μm粒径的活性粒子沉降到9cm的采样平皿上的收集效率为0.106 CFU/h，沉降到14cm的采样平皿上的收集效率为0.256CFU/h。1μm粒径的活性粒子沉降到9cm 的采样平皿上的收集效率为0.008 CFU/h 。如果A级区最大浓度限度为1CFU/m³, 那么一个9cm 平皿需要暴露于A级区采样1250小时(相当于52天)，才能在低生物污染负载环境检测到一个有意义的数据(一个CFU)。
由此得到结论：沉降菌“是一种太不灵敏的采样方法”，以及“沉降菌更好的反映了携菌粒子的沉积效果，仅在较大平皿采样(如14cm)或者多个采样平皿采集时灵敏些”。研究发现主动采样方法采集1μm的粒子的收集效率比9cm的被动采集的沉降菌方法的效率高2250倍。对于A级区层流环境的微生物采样，建议采用更加灵敏的采样方法。
在C、D级环境，采用非无菌工艺，微生物负载量较高，沉降菌采样可以作为一个微生物采样的补充，配合浮游菌采样方法可以一起使用。
因此我们可以得出结论，对于药业A，B级环境，浮游菌采样方法作为更高效的采样方法更适合。
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